中島三郎助はこれを拒否した。 1時間の戦闘で守備隊は壊滅し、中島三郎助は2人の息子とともに戦死する。永井尚志は弁天台場に入り守備を固め、瀧川充太郎が新選組、伝習士官隊を率いて箱館山へ向かった。松平太郎は箱館奪還を試みるが失敗し、五稜郭、弁天台場、千代ヶ岱陣屋のみが残るだけとなった。、小太郎のことを気にかけており、後に彼がコグマスカイブルーになった後も厳しい態度を取っていた。 5月16日、五稜郭からの撤退命令も拒否して、中島は浦賀与力時代の部下らとともに最後の抵抗をする。弁天台場は艦砲射撃と背後の上陸部隊の攻撃に持ち堪えていたが、艦を失った海軍兵を収容していたこともあり兵糧が底を付き、5月15日、永井尚志以下240名が降伏する。
諏訪に降伏交渉の仲介を頼もうとするが瀕死のため、高松凌雲らと協議し、高松と病院事務長・ 5月12日には五稜郭に対して箱館湾の甲鉄による艦砲射撃が始まり、古屋佐久左衛門が重傷を負ったほか、死傷者が続出した。澤太郎左衛門以下250名は、22日に投降している（6月11日箱館着）。 しかし、山頂からの攻撃は圧倒的で、大森浜沖の陽春からの艦砲射撃もあって一本木関門付近まで退き、さらに五稜郭まで後退した。 5月22日（水曜日）のロッテ対阪神戦（QVCマリンフィールド、18:15試合開始）では、関西ローカルでの放送を前提に、MBSの自社制作で中継（解説：遠山、実況：近藤）。 5月16日、黒田は「海律全書」の返礼として、礼状と共に酒樽五樽・
その後、榎本は降伏の誓書を亀田八幡宮に奉納して一旦五稜郭へ戻り、夜には実行箇条を提出させた。山下喜次郎が高松の主張を聞き入れ、病院の門前に「薩州隊改め」の墨書きを残して退いた。渋沢成一郎が隊士とともに湯の川に逃走した。池田次郎兵衛が諏訪常吉の見舞いと称して箱館病院を往訪。 また、旧幕府軍では脱走兵が相次いだ。休戦の間、幕府軍首脳側は合議の上、降伏・同夜、榎本は敗戦の責任と、降伏する兵士の助命嘆願の為に自刃しようとしたが、たまたま近くを通りかかった（介錯を頼む為、榎本が呼び止めたとも言われる）大塚霍之丞に制止されている。降伏した旧幕府軍の将兵は、一旦箱館の寺院等に収容された後、弘前藩ほかに預けられ、ほとんどが翌年に釈放。
新政府軍が降伏の手順を明らかにする実行箇条の提出を要求してこの会談は終了した。 5月18日（グレゴリオ暦1869年6月27日）早朝、実行箇条に従い、榎本ら幹部は亀田の屯所へ改めて出頭し、昼には五稜郭が開城。 5月12日夜、新政府軍参謀・ に出頭、陸軍参謀・ 5月11日未明、豊安丸と飛龍丸に分乗した陸軍参謀・ 5月11日の戦闘の最中、新政府軍が病院内に乱入する。分院の高龍寺では非武装が徹底されておらず、松前藩兵・
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